El Gran Colapso es un gran evento que ocurre entre Deus Ex e Invisible War.
Cuando JC Denton destruye el Área 51, el centro de la comunicación multimedia y la red de comunicación Aquinas; Internet se desactiva y la humanidad desciende hasta un periodo de guerra y recesión económica conocido como el Colapso.
Ocurre meses después de los eventos de Deus Ex, indirectamente afectando a lo que ocurre en la siguiente entrega. Tras el mismo, el transporte entre regiones es lento y los vuelos comerciales no existen, con la única posibilidad de contratar pilotos privados.